sexta-feira, 29 de abril de 2011

006 - Montagem de Fragmentos

Considere a execução algoritmo guloso para encontrar caminhos hamiltonianos em grafos de sobreposição, apresentado do livro de Setúbal e Meidanis, no seguinte caso:


(Arestas de custo 0 omitidas)

Escolha a alternativa correta:
  1. O algoritmo garante gerar a melhor montagem na ausência de repeats.
  2. O algoritmo, nesse caso, gerará a melhor montagem: TGCATGCC
  3. O algoritmo, nesse caso, falha em gerar a melhor montagem.
  4. O algoritmo gerará a montagem ATGCAT.
  5. NDA

sexta-feira, 22 de abril de 2011

005 - Procura em Bancos de Dados

Considere as seguintes afirmações sobre a busca em bancos de dados:

  1. Uma matriz 1-PAM denota as probabilidades de substituição de sequências que sofreram 1 unidade de evolução, ou seja que mudaram exatamente 1 aminoácido.
  2. Matrizes PAM são utilizadas pelo BLAST para gerar uma lista de strings de alto escore ao realizar buscas de DNA.
  3. No método FAST, o parâmetro ktup influencia na sensibilidade(capacidade de encontrar sequências similares) e na seletividade (capacidade de descartar falsos positivos) do algoritmo. Um alto ktup aumenta a sensibilidade e um baixo ktup aumenta a seletividade.

  1. São corretas apenas I e II.
  2. São corretas apenas II e III.
  3. Apenas I é correta.
  4. Apenas II é correta.
  5. NDA

sexta-feira, 15 de abril de 2011

004 - Comparação de Sequências

Considere a similaridade entre duas sequências calculada pelo algoritmo de comparação global e pelo algoritmo de comparação local.

Escolha a alternativa que indica a similaridade correta entre as seguintes sequências:

CTGATTACATCGTA
ACTACGATTACACA

(Considere: match = +1 ; mismatch = -1 ; gap = -2;)
  1. A similaridade Local é 2
  2. A similaridade Global é 2
  3. A similaridade Local é 7
  4. A similaridade Global é 7
  5. NDA