009 - Reversões

Quantos pares ordenados possui o seguinte genoma?

(0 -5 -6 -1 -3 -2 4 7)

1. 0
2. 2
3. 4
4. 8
5. NDA

008 - Reversões

Qual o número mínimo de reversões necessárias para ordenar o seguinte genoma:

(3 5 8 6 4 7 9 2 1 10 11)

1. 3
2. 4
3. 5
4. 6
5. NDA

007 - Rearranjo de Genomas

Aplicando a seguinte composição de permutações, a sequência gerada terá quantos breakpoints?

(1, 3, 7, 5)(3, 6, 2, 4)(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7)

1. 4
2. 5
3. 6
4. 7
5. NDA

006 - Árvores Filogenéticas

Considere a seguinte matriz de estados de características:

	Características
Indivíduo	c1	c2	c3	c4	c5	c6
A	0	0	0	1	1	0
B	1	1	0	0	0	0
C	0	0	0	1	1	1
D	1	0	1	0	0	0
E	0	0	0	1	0	0

Qual é a melhor filogenia para essa matriz?

(Considere que as arestas nomeadas significam que a característica citada mudou de estado)

1. 
   
   
   

   ---

   
   
2. 
   
   
   

   ---

   
   
3. 
   
   
   

   ---

   
   
4. 
   
   
   
   

   ---

   
   
5. NDA

006 - Montagem de Fragmentos

Considere a execução algoritmo guloso para encontrar caminhos hamiltonianos em grafos de sobreposição, apresentado do livro de Setúbal e Meidanis, no seguinte caso:

(Arestas de custo 0 omitidas)

Escolha a alternativa correta:

1. O algoritmo garante gerar a melhor montagem na ausência de repeats.
2. O algoritmo, nesse caso, gerará a melhor montagem: TGCATGCC
3. O algoritmo, nesse caso, falha em gerar a melhor montagem.
4. O algoritmo gerará a montagem ATGCAT.
5. NDA

005 - Procura em Bancos de Dados

Considere as seguintes afirmações sobre a busca em bancos de dados:

1. Uma matriz 1-PAM denota as probabilidades de substituição de sequências que sofreram 1 unidade de evolução, ou seja que mudaram exatamente 1 aminoácido.
2. Matrizes PAM são utilizadas pelo BLAST para gerar uma lista de strings de alto escore ao realizar buscas de DNA.
3. No método FAST, o parâmetro ktup influencia na sensibilidade(capacidade de encontrar sequências similares) e na seletividade (capacidade de descartar falsos positivos) do algoritmo. Um alto ktup aumenta a sensibilidade e um baixo ktup aumenta a seletividade.

1. São corretas apenas I e II.
2. São corretas apenas II e III.
3. Apenas I é correta.
4. Apenas II é correta.
5. NDA

004 - Comparação de Sequências

Considere a similaridade entre duas sequências calculada pelo algoritmo de comparação global e pelo algoritmo de comparação local.

Escolha a alternativa que indica a similaridade correta entre as seguintes sequências:

CTGATTACATCGTA

ACTACGATTACACA

(Considere: match = +1 ; mismatch = -1 ; gap = -2;)

1. A similaridade Local é 2
2. A similaridade Global é 2
3. A similaridade Local é 7
4. A similaridade Global é 7
5. NDA

003 - Quase Linear

No Relatório Técnico de Zanetti e Meidanis - Construção incremental de árvores PQR (2010) encontramos várias menções a uma estrutura de dados que utiliza o algoritmo de union-find. Sobre esse algoritmo e seu uso na construção de árvores PQR, considere as afirmações:

1. A estrutura é utilizada para encontrar rapidamente os filhos de um nó.
   
   
2. O número de elementos que devem ser mantidos na estrutura de union-find é linear com o tamanho da entrada do algoritmo PQR.
   
   
3. Nas implementações atuais do algoritmo de union-find, a operação find tem um custo computacional amortizado de O(a(n)), onde a(n) é o inverso da função de Ackermann.
   
   
4. Durante a execução do algoritmo PQR, alguns elementos precisam ser removidos da estrutura union-find. E como o custo dessa operação é alto, o algoritmo PQR é dito quase-linear.

Estão corretas as afirmações:

1. Apenas I e II.
2. Apenas I , II e IV
3. Apenas II e IV
4. Apenas II e III
5. NDA

002 - Estrutura Genética Fina

S. Benzer descreve em seu artigo On the topology of genetic fine structure, a realização de vários experimentos para determinar a topologia da estrutura do DNA. Sobre as conclusões obtidas desses experimentos, são feitas as seguintes afirmações:

I - Os experimentos sugerem que uma estrutura linear é suficiente para explicar os dados obtidos.
II - Os experimentos indicam que a estrutura do DNA deve ser ramificada.
III - Os experimentos descartam a possibilidade da existência de ramificações no DNA.

São corretas as afirmações:

1. somente I
2. somente I e II
3. somente I e III
4. somente III
5. NDA

001 - Biotecnologia

A Reação em cadeia da polimerase (do inglês Polymerase Chain Reaction - PCR) é um método de amplificação (de criação de múltiplas cópias) de DNA (ácido desoxirribonucleico) sem o uso de um organismo vivo.

Sobre o PCR, é correto afirmar:

1. Produz quantidades ilimitadas de DNA a partir de uma pequena amostra pois, como a cópia é perfeita, o ciclo pode ser repetido indefinidamente.
2. É uma técnica relativamente complexa, porém é mais barata do que outras por não precisar utilizar enzimas
3. Pode ser aplicada na detecção de mutações, utilizando um primer que se ligue ao pedaço mutante do DNA.
4. A amplificação do DNA é alta pois a Taq DNA Polimerase utilizada no processo pode se ligar a qualquer ponto da fita de DNA e iniciar a polimerização, dessa forma, várias cópias dessa enzima podem trabalhar ao mesmo tempo.
5. NDA